Cソースの #if や #ifdef の条件コンパイル部分だけを削除するものです。#define や#include等他のプリプロセッサのコードはそのままです。ソースを見るときにどっちが使われるのかを見るとき便利です。デバッグ等で汚くなったソースを綺麗にするのにも使えます。
2.5から非対象部分のコメントアウトや空白への置き換えができるようになりました。行位置が変わらないので、静的解析、ソース解析などのツールで行番号で参照するときにも利用できるようになりました。