論文を集めて、それをもとに論文や業績集を作成する作業を、能率的にサポートするためのソフトウェア。PubMedなどの文献検索サイトからのデータの取り込み、文献引用リストの自動作成、論文での文献引用の自動作成から印刷まで、学術文献に関する処理を一貫して行うことができる。PubMedの直接検索が可能な他、PubMed、Web of Science、医学中央雑誌Web等のインターネット上で利用可能な生命科学系データベースのほか、 Ovid、WebSPIRS や BibTeX、EndNote の出力データに対応。最大3万件登録可能で、検索機能も充実している。文献引用リストの自動作成機能は、リッチテキストやLaTeXで作成した論文本文中に本ソフトで管理する文献番号を記入しておけば、番号の振り直しと引用文献リストの作成を自動で行えるというもの。イタリック、太字、下線、上付き、下付きなどの文字修飾も全ての出力に使用可能。生命科学系雑誌を網羅する省略名の辞書も内蔵されている。元論文のPDFファイルやURLの管理もドラッグアンドドロップで可能。特にPubMed検索に関してはボタン操作(PubMedボタン)によってデータの取り込みを最小限の入力で可能としている。 Ref2000はWindowsNT(4.0)/2000/XP/VISTA で、日本語とその他ユニコードで表現可能な全ての言語の同時表示ができる。Ref98はWindows XP以前の全てのWindows で利用能だが、表示できる文字はShift-JISに限定されるなど、機能の制限されたバージョンで、Windows 95/98/MEでの使用を前提にしている。全ての操作に詳細なヘルプ画面が提供されているのも特徴である。